私がこれまで経験したものを、メモしておく。
今後新たな問題が発生すれば、追記する。

・同じアカウント内のファイルをURLパスで読み込めなくなる（include,requre）
PHPで外部ファイルを読み込む際、同じアカウント内のファイルをURLパスで突然読み込めなくなることがある。

たとえば、inclide('http://sample.com/file1.php')　のような読み込みができなくなる（アカウント外ならOK）

相対パス　inclide('file1.php')で読み込むか、ルートからの絶対パスinclide('/virtual/yourID/public_html/sample.com/file1.php')で読み込むようにする。

・$_GET['sample']、$POST_['sample']の値を、$sampleで取得できなくなる

Xreaはregister_globalsの設定がデフォルトでonになっている。
しかし、その設定が突然offになることがあるようだ。

register_globalsはセキュリティ的にoffにしておくのが望ましい。よって、あらかじめ.htaccessファイルに

php_value register_globals off

と明記しておく。もちろん、onにしておきたい場合は、

php_value register_globals on

と明記しておけば良い。

【関連リンク】
Xrea+Valuedomain