コンテンツの無いアフィリエイトページを大量に作っているサイトさんは、ダメージが大きかったようです。
ごっそりインデックス削除とか。

しかし、どうやって検索エンジンは、これらのサイト・ページを識別しているのでしょう？

もし自分が検索エンジンだとしたら、次のような事を考えます。
アフィリエイト・ＳＥＯページにありがちな所から推察すると、

１）ページの総文字数に対して、リンクが異様に多いページは×
文章が少ないページは、あまり大したことが書いてなさそう。

２）一気に外部リンクが増えたサイトは×
自作自演の、人為的な臭いがしませんか？

あと、最近特にウワサになっているのが、「手動」によるチェックです。
技術主導のＧｏｏｇｌｅとかが、そんなことするのか？と思います。しかし、Ｇｏｏｇｌｅは実施しているようです。

Ｂ○Ｗの件や、今年の春のサイ○ーエージェントの件などです。

そう考えると、予め手動で各ＡＳＰのドメインを登録しておいて、アフィリンク濃度の濃いページを削除するようなこともできそうです。

なんでも海外ではその傾向が実際にあるとか。おそろしや〜。

プログラムで大量ページ生産することを考えている方は、そのままやってもほとんど成果が出ないと思いますよ。