管理人です。

＞設定項目の保存が出来るようになるなど可能でしょうか？

今はそのような機能はありません。
以前から要望も多い機能です。ぜひ実装させたいと思います。

＞リンクのキーワード部分のみを一括で置換しても正常に動作するでしょうか

ご自分でキーワードをエンコードして、既存のリンクコード内に幾つかあるキーワード部に上書きすれば、普通に動くと思います。スキルがあれば、試してみてください。

手動でリンクを作ると
リンクコード内にある
<div id="loading1111111111"></div>
<a href="http://www.raku360.com/"><script type="text/javascript"src="http://www.raku360.com/indi.php?la=euc-jp&t_id=1111111111" ></script>
このようなidは、作成したリンクごとに違うものが割り当てられますが、

置換で複数のリンクを作った場合
すべて一緒で問題ないでしょうか？

＞このようなidは、作成したリンクごとに違うものが割り当てられます

リンクコードを区別するためのものです。
一緒でも問題ないです。ただし、一ページに複数のコードを設置すると、うまく動きません。※そもそも一ページ一つと制限させてもらっています。問題ないと思います。